Die Kirchgemeinden in der Thurgauer Landeskirche sind autonome Einheiten, die sich unter Berücksichtigung des übergeordneten Rechts eine eigene Gemeindeordnung geben können. Die aktuelle Gemeindeordnung der Evangelischen Kirchgemeinde Bischofszell-Hauptwil wurde per 1. Januar 2024 in Kraft gesetzt.